我在《科學與宗教的差異》文章中整理出我認為的三個主要差異:
(1) 科學是開放的，宗教是封閉的；
(2) 科學走向未來，宗教擁抱過去；
(3) 科學視真理為進行式，宗教視真理為完成式。
顯然好友烏拉威頗不以為然，遂又寫了《科學與宗教鬼影幢幢》一文駁斥我對宗教的誤解以及對科學的過度推崇。
雖然烏拉威還是承認：若指稱的是宗教組織的官方神學，我這樣的比對基本上是成立的。 但是烏拉威在文中另提出「探究奧祕」一詞來區分宗教中官方神學以外的另一種精神，甚至認為科學相對於探究奧祕在我的三個差異點中可能恰好是相反的，也就是說：科學也可能是封閉的、擁抱過去的、視真理為完成式；而探究奧祕也可以是開放的、走向未來的、視真理為進行式。
我可以理解烏拉威希望破除一般人對科學的過度迷信，但我必須指出即便他所謂的「探究奧祕」也可能落入我所作的比對中宗教那一方。
我說宗教是封閉的，是因為我看到無論是佛教、基督教、回教，都只相信自己的上帝是唯一的或是自己的教義才是真理，而認為其它宗教與無神論者都是誤入歧途。所以我認為宗教範疇中的任一派別都各自成為一個封閉系統。
而且既然釋迦牟尼、耶穌、穆罕默德都已經感悟並宣告了正確且唯一的人生真理與宇宙奧義，真理已經是個完成式，後世人們只須全心信奉，不應再心存懷疑。而當對教義有疑義時，通常是能以愈古老的典籍來支持自己的論點者愈能佔上風；這也合理，因為愈接近教主時代的經典照說就愈不會失真。所以我說宗教視真理為完成式，而且還貴古賤今地擁抱過去。
這樣的傾向只有官方神學才有嗎？雖然烏拉威認為宗教中另有抱著「探究奧祕」態度者並非如此，但是如果他們一樣堅信奧祕只能在自己信仰的宗教中才能尋得，一樣認為古籍裏早已寫下真理，那麼他們不也是跟官方神學一樣嗎？
相對地，科學從不認為宇宙真相已被發掘，更不會死抱著某個理論不放。回顧歷史，我們可以清楚看到只要有更佳的理論與更明確的證據出現，科學的主流還是會接納新的學說，從牛頓的古典力學到愛因斯坦的相對論，再到量子力學乃至弦論，莫不如此。所以我說科學是開放的、是走向未來的進行式。
烏拉威在文中用來指控科學的論證，在我看來比較像是在指責特定的頑固科學家，而非科學本身。在科學界中雖不乏頑固份子，但他們絕無法主宰科學的發展，也總是被向前奔騰的主流所淹沒，因此不應以之做為批判科學的例證。其實我以為將奧祕與科學作為對立面來互相比較根本就不恰當，因為科學原本就是要追索奧祕啊。
至於烏拉威所認為科學最根本的錯誤：否認意識的獨立存在。我認為這是一個可以討論的議題，科學並未禁止此類議題的發問。相反地，科學的進展反而揭露了更多主體意識的問題，例如量子力學裏的哥本哈根詮釋所討論到觀測者對於事物狀態的影響、平行宇宙（多重世界）的理論。這些或許可以與佛學的理論有些交集。
相對地，相信意識先於物質的宗教能否允許像科學一樣的態度與方法？而不是要你先相信才能見到上帝。科學的路上或許有許多的鬼影，但終究會一一消失在陽光的照耀下；而宗教的疆域裏卻處處矗立著神聖不可侵犯的雕像。充滿疑惑的我，還是寧可選擇科學這條路。
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